Tomat angrips sällan av skadeinsekter, men ibland kan bladlöss, spinn eller vita flygare i växthus ställa till problem i växthus. Bekämpa med biologisk bekämpning (dvs. andra, nyttiga insekter) eller växtskyddsmedel. Flera svampar, bakterier och virus utgör ett större hot mot tomaterna, särskilt i växthus. Många av dessa övervintrar i jorden så det är viktigt att städa ordentligt på hösten. Plantera bara friska, kraftiga plantor och undvik tät plantering. Bränn eller kasta alla angripna växtdelar i soporna.
En virussjukdom som är särskilt besvärlig är tomatmosaik. Moderna sorter är resistenta men frön till gamla sorter kan ha smitta kvar. Viruset ger mosaikmönster på bladen och kraftigt minskad skörd. Vid smitta bränn angripna plantor, byt jord till hösten och rengör växthuset noga.
Potatisbladmögel sprids från angripna potatisplantor och ger brunfläckiga blad och fläckiga oätliga frukter. Odla inte potatis intill tomaterna och välj potatissorter som är motståndskraftiga. Ta genast bort alla blad och frukter som blivit angripna och släng i soporna eller bränn.
Pistillröta ger stora gråbruna fläckar i pistilländen. Pistillröta orsakas av ojämn vattning, för mycket vatten eller ojämn näringstillförsel. Bladrullning ger styva blad som rullar upp sig. Orsaken är ofta förelåg nattemperatur eller för hård beskärning. Skörden påverkas inte negativt av bladrullning.